Bologna, 23 giugno 1858. Due guardie pontificie si presentano alla porta di Momolo e Marianna Mortara con un mandato della Santa Inquisizione. Da quel momento l'esistenza di una famiglia di modesti mercanti ebrei è destinata a essere per sempre sconvolta: le guardie hanno infatti l'ordine di portar via il sesto dei figli, Edgardo, di non ancora sette anni. I genitori, attoniti, chiedono invano spiegazioni, protestano, si disperano ma alla fine sono costretti a cedere ai gendarmi che trascinano via il figlioletto. È l'inizio brutale di una vicenda via via sempre più cruenta e destinata a punteggiare malamente la storia del nascente Stato italiano e della ormai fatale estinzione di quello pontificio. A nulla valgono gli appelli al papa di capi di Stato come Napoleone III, l'imperatore d'Austria e il presidente degli Stati Uniti né le voci di protesta di uomini di cultura e le suppliche di quelli di ogni fede. Pio IX è irriducibile: Edgardo Mortara, pur nato ebreo, appartiene alla Chiesa cattolica visto che una fantesca ha giurato di averlo battezzato di nascosto quand'era nella culla ritenendolo moribondo per via di un attacco di febbre. Vittima di un'epoca tempestosa, Edgardo vivrà tutta la vita all'interno dell'istituzione ecclesiastica, prima ragazzo confuso e solitario, poi sacerdote inquieto e disperato. Fino alla sua morte in un convento nei pressi di Liegi tre mesi prima che i nazisti invadano il Belgio, sarà pedina innocente sulla scacchiera di un potere spietato.